小肠内有两种腺体：十二指肠腺和小肠腺。十二指肠腺又称勃氏腺（Brunner's gland），分布在十二指肠的粘膜下层中。小肠腺又称李氏腺（Lieberkuhn Crypt），分布于全部小肠的粘膜层内。
小肠液是一种弱碱性液体，pH约为7.6，渗透压与血浆相等。小肠液的分泌量变动范围很大，成年人每日分泌量约l～3L，小肠液的主要部分是由小肠腺分泌。而十二指肠腺主要分泌含粘蛋白很高的碱性液体，对十二指肠起保护作用。
小肠液的主要作用有：
（1）大量的小肠液可以稀释消化产物，降低其渗透压，便利于吸收。
（2）肠致活酶可能激活胰液中的胰蛋白酶原，使之变为有活性的胰蛋白酶，从而有利于蛋白质的消化。
（3）保护十二指肠的上皮，十二指肠腺分泌碱性液体和粘蛋白，保护十二指肠的上皮，不被胃酸侵蚀。
小肠液分泌后又很快地被绒毛重吸收，这种液体的交流为小肠内营养物质的吸收提供了媒介。小肠液中还常混有脱落的肠上皮细胞、白细胞，以及由肠上皮细胞分泌的免疫球蛋白。
近年来认为，虽然小肠上皮细胞内含有多种消化酶，如分解多肽的肽酶、分解双糖的蔗糖酶和麦芽糖酶等。真正由小肠腺分泌的酶只有肠致活酶一种。小肠液中的其他酶只是随脱落的肠上皮细胞进入肠腔内，但它们对小肠内消化并不起作用。小肠细胞本身对营养物质的消化是在小肠上皮细胞的纹状缘和上皮细胞内进行的，是一种特殊的消化方式。
小肠液的分泌是经常性的，但在不同条件下，分泌量的变化可以很大；食糜对肠粘膜的局部机械刺激和化学刺激都可引起小肠液的分泌。小肠粘膜对扩张刺激最为敏感，小肠内食糜的量越多，分泌也越多。一般认为，这些刺激是通过肠壁内神经丛的局部反射而引起肠腺分泌的。刺激迷走神经可引起十二指肠腺的分泌，但对其他部位的肠腺作用并不明显，有人认为，只有在切断内脏大神经（取消了抑制性影响）后，刺激迷走神经才能引起小肠液的分泌。
在胃肠激素中，胃泌素、促胰液素、胆囊收缩素和血管活性肠肽都有刺激小肠液分泌的作用。